با سلام و وقت بخیر
راهکار خاصی وجود ندارد ولی راهکاری که شما فرمودید در صورتی صحیح خواهد بود که سندی ثبت نشود چون در این حالت دو بار سند برای شخص بستانکار ثبت می گردد
شما برای اینکه فاکتور مورد نظر را از لیست فاکتور های تسویه نشده خارج نمایید کافی است مبلغ را در فیلد مبلغ دریافتی وارد کنید و بعد از تایید و مشاهده فرم امور مالی ، این فرم را بدون تایید ببنید